Лена-Фокс где-то на предыдущих страницах писала подробно, кажется, я не самый большой спец по Токио именно.

На Одайбе есть музей Miraikan, там в 11:00 шоу робота Асимо проводят. Кроме того на Одайбе еще можно посмотреть мини-вариант статуи Свободы, неподалеку большой торговый центр Palette Town, плюс там же Тоёта шоу рум (но девочке Вашей, наверное, не очень интересно будет).
На Уэно есть небольшой зоопарк, плюс там же рядом еще Научный музей с большим скелетом динозавра, у них есть одна секция техники, где все можно щупать=крутить=вертеть.
Океанариум знаю только Hakkeijima Sea Paradise, но это в Йокогаме, хотя и не очень далеко. Зоопарк еще один в Токио есть - Tama Zoo. Вот, кстати, что великий гугл говорит о зоопарках в Токио - https://www.tokyo-zoo.net/english/
В Кидзанию вы и так собираетесь, могу еще посоветовать музей Гибли - Ghibli Mitaka no Mori, но туда надо покупать билеты заранее через магазин Лоусон, там каждый день разделен на 4 времени по заходу, бывают еще на месте билеты того же дня, но никакой гарантии, что они будут по приходу, нет.
До Осаки лучше ехать на синкансэне - скоростной поезд, в одну сторону выйдет около 14000 йен за взрослого, ребенок до 12 лет - полцены. Ехать около 3 часов.